Šengenas konvencijas finanšu programmas (Schengen Facility) īstenošanas nodrošināšanai ir noslēgts trīspusējs sadarbības līgums starp programmas vadošo iestādi – Iekšlietu ministriju, ieviešanas iestādi – Centrālo finanšu un līgumu aģentūru un konkrēto finansējumu saņēmēju. Sadarbības līgumi ir noslēgti ar katru no finansējuma saņēmējiem par visām tā izvirzītajām prioritātēm, kas detalizēti nosaka katras iesaistītās institūcijas tiesības un pienākumus programmas īstenošanā. Par Šengenas konvencijas finanšu programmas (Schengen Facility) vadošo iestādi tika noteikta Iekšlietu ministrija. Vadošā iestāde nodrošina programmas vadību, īstenošanu un uzraudzību, tai skaitā programmas īstenošanas efektivitāti un atbilstību Eiropas Savienības tiesību aktos un Latvijas Republikas normatīvajos aktos noteiktajām prasībām, kā arī Eiropas Savienības politikai. Valsts kase ir programmas maksājumu iestāde, kas veic maksājumus atbilstoši vadošās iestādes un finansējuma saņēmēja iesniegtajiem maksājuma uzdevumiem. Programmas ieviešanas iestādes funkcijas veic Centrālā finanšu un līguma aģentūra, kura nodrošina programmas finansēto projektu ieviešanu atbilstoši sadarbības līguma noteikumiem. Tā nodrošina projektu ieviešanas uzraudzību un finanšu kontroli. Šengenas konvencijas finanšu programmas (Schengen Facility) finansējuma saņēmēji ir: Finansējuma saņēmējs ir atbildīgs par Indikatīvajā pasākumu ieviešanas plānā ietverto prioritāšu īstenošanu saskaņā ar vadošās iestādes apstiprināto projekta aprakstu, sadarbības līgumu un saistošajiem Latvijas Republikas un Eiropas Savienības tiesību aktiem. Indikatīvais pasākumu ieviešanas plāns ir Eiropas Komisijas apstiprināts dokuments, kas izstrādāts atbilstoši Eiropas Savienības tiesību aktiem un nosaka programmas finansējuma izlietošanas stratēģiju, mērķus, finansējamās prioritātes un pasākumus. Lai nodrošinātu programmas īstenošanas, vadības un uzraudzības funkciju sekmīgu izpildi, vadošā iestāde ir izveidojusi Vadības komiteju, kuras vadītājs ir vadošās iestādes atbildīgā amatpersona, balsstiesīgie dalībnieki, finansējuma saņēmēju atbildīgās amatpersonas, kā arī ieviešanas iestādes pārstāvis. Vadības komiteja uzrauga programmas finansēto projektu ieviešanu un Indikatīvajā pasākumu ieviešanas plānā iekļauto mērķu sasniegšanuEiropas Savienības Šengenas konvencijas finanšu programma (Schengen Facility)
Programmas īstenošanu nosaka Ministru kabineta 2005.gada 06.septembra instrukcija Nr.12 „Par Šengenas konvencijas finanšu programmas (Schengen Facility) īstenošanu, vadību un uzraudzību”.
• Valsts robežsardze;
• Ārlietu ministrija;
• Pilsonības un migrācijas lietu pārvalde;
• Iekšlietu ministrijas Informācijas centrs;
• Valsts ieņēmumu dienests;
• Valsts policija;
• Iekšlietu ministrija;
• Centrālā finanšu un līgumu aģentūra.
